skip to main content

Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik

1Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University, Indonesia

2Laboratorium Rekayasa Genetika, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Teknologi Bandung, Indonesia

Published: 1 Aug 2006.
Open Access Copyright 2006 Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi under http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/.

Citation Format:
Abstract
Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.
Fulltext View|Download
Keywords: D-loop mtDNA; PCR; kloning; enzim PstI; sampel forensik

Article Metrics:

  1. Anderson, S., Bankier, A.T., de Barrell, B.G., de Bruijn, M.H., Coulson, A.R., Drouin, J., Eperon, I.C., Nierlich, D.P., Roe, B.A., Sanger, F., Screier, P.H., Smith, A.J., Staden, R., and Young, I.G., 1981, Sequence and organization of the human mitochondrial genome, Nature, 290 (5806); 457–465
  2. Aquadro, C.F., and Greenberg, B.D., 1983, Human mitochondrial DNA variation and evolution; analysis of nucleotide sequences from seven individuals, Genet, 103; 287–312
  3. Cann, R.L., Stoneking, M., and Wilson, A.C., 1987, Mitochondrial DNA and human evolution, Nature, 325: 31–36
  4. Jones, P., 1998,Vectors Cloning Applications-essential Techniques, John Wiley & Sons, BIOS Scient Publishers, NewYork
  5. Moore, J.M. and Isenberg, A.R., 1999, Mitochondrial DNA Analysis of the FBI Laboratory, Forensic Science Communication, Vol. I, Number 2
  6. Noer, A.S., Martasih, F., Mulyani, S., Muktiningsih, dan Wirahadikusumah, M., 1994, Analisis Variasi Urutan Nukleotida D-loop mtDNA Manusia dari Berbagai Daerah di Indonesia, Proceeding Seminar Bersama UKM-ITB, I, 201–204
  7. Orrego, C., and King, M.C., 1990, Determination of familial relationships, di dalam PCR protocols a guide to methods and application, Academic Press, Inc. San Diego, California, USA
  8. Perkin Elmer, 1992, DNA Thermal Cycler; Users Manual, The Perkin Elmer Corporation, USA
  9. Promega, 1998, Technical Manual, pGEM-T and pGEM®–T Easy Vector Systems, USA
  10. Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Vol. 1,2,3 Cold Spring Harbor Laboratory Press New York

Last update:

No citation recorded.

Last update: 2024-03-28 12:27:36

No citation recorded.