Studi Molekuler dan Filogenetik Ascidian Kolonial Asal Perairan Pulau Tidung dan Pulau Pari

Abstract

Ascidian merupakan biota bentik yang hidup menempel pada ekosistem terumbu karang. Permasalahan terbatasnya informasi tentang jenis ascidian di Kepulauan Seribu serta minimnya eksplorasi ascidian menjadikan penelitian tentang identifikasi ascidian penting untuk dilakukan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui spesies ascidian kolonial dan kekerabatan antar spesies yang ditemukan di ekosistem terumbu karang Pulau Tidung dan Pulau Pari berdasarkan metode deskriptif eksploratif. Hasil penelitian menunjukkan lima spesies ascidian kolonial yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari dua famili yang berbeda yaitu satu jenis Leptoclinides sp. dan tiga jenis Didemnum sp. yang berasal dari Famili Didemnidae; satu jenis  Aplidium sp. yang berasal dari Famili Polyclinidae. Berdasarkan proses identifikasi molekuler melalui proses optimasi volume DNA template dan suhu annealing, hanya satu dari lima sampel yang berhasil diamplifikasi menggunakan dua pasang primer yang berbeda. Sampel tersebut berkode PT02-02 (B) yang berasal dari Pulau Tidung dan diamplifikasi menggunakan primer Did forward  dan primer Did reverse. Hasil identifikasi spesies ascidian kolonial sampel PT02-02(B) memiliki query lenght sebesar 597 bp. Hasil BLAST pada website NCBI menunjukkan sampel PT02-02 (B) memiliki kemiripan dengan spesies Aplidium sp. dengan nilai Query Cover 98% dan Per. Ident 80,31%. Hasil filogenetik spesies Aplidium sp. dengan Aplidium accarense yang ditemukan di Laut Mediterania Timur menunjukkan nilai bootstrap sebesar 90%.

Ascidians are benthic organisms that live attached to coral reef ecosystems. The limited information available on ascidian species in the Thousand Islands and the lack of ascidian exploration make research on ascidian identification important to conduct. The objective of this study is to identify colonial ascidian species and their phylogenetic relationships found in the coral reef ecosystems of Tidung Island and Pari Island using an exploratory descriptive method. The results of the study showed that the five colonial ascidian species used in this study belonged to two different families: one species of Leptoclinides sp. and three species of Didemnum sp. from the Didemnidae family; and one species of Aplidium sp. from the Polyclinidae family. Based on molecular identification through optimization of DNA template volume and annealing temperature, only one of the five samples was successfully amplified using two pairs of different primers. The sample, coded PT02-02 (B), originated from Tidung Island and was amplified using the Did forward primer and Did reverse primer. The species identification results for the colonial ascidian sample PT02-02(B) had a query length of 597 bp. BLAST results on the NCBI website showed that sample PT02-02 (B) was similar to the species Aplidium sp. with a Query Cover value of 98% and Per. Ident 80.31%. The phylogenetic results of Aplidium sp. with Aplidium accarense found in the Eastern Mediterranean Sea showed a bootstrap value of 90%.