Identifikasi dan Analisis Filogenetik Gastropoda pada Ekosistem Mangrove Tapak Kota Semarang dengan Pendekatan DNA Barcoding

Abstract

Ekosistem mangrove memiliki berbagai peranan ekologis, salah satunya adalah sebagai habitat organisme gastropoda. Gastropoda ekosistem mangrove berperan sebagai bioindikator dan dekomposer. Identifikasi spesies gastropoda secara molekuler di kawasan mangrove penting dilakukan untuk mengetahui spesies-spesies gastropoda yang ditemukan secara akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies gastropoda dan tingkat kekerabatannya di Kawasan Mangrove Desa Tapak Kecamatan Tugu Kota Semarang yang dilaksanakan pada bulan September - November 2023. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu deskriptif-kuantitatif. Pengambilan sampel penelitian dilakukan dengan metode purposive sampling. Penanda genetik yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen Cytochrome Oxydase I (COI) dengan penyejajaran sekuens DNA menggunakan metode MUSCLE. Analisis filogenetik berbasis algoritma neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap pada software MEGA X. Hasil identifikasi molekuler diperoleh bahwa sampel GT1 memiliki kemiripan sebesar 96,12% (Percent Identity) dengan Pirenella alata dan sampel GT2 sebesar 99,69% (Percent Identity) dengan Telescopium telescopium. Hasil analisis filogenetik menunjukkan kladogram kedua spesies ini terdapat pada klade yang berbeda. Klade I terdiri dari sampel GT1 beserta 4 spesies pembanding lainnya dalam 1 genus, yaitu Pirenella alata, Cerithidea microptera, Pirenella nanhaiensis, dan Pirenella incisa. Klade II terdiri dari sampel GT2 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Telescopium telescopium, Varicinassa variciferus, Laevilitorina caliginosa, dan Monoplex krebsii.

Mangrove ecosystem has many ecological roles, one is as gastropods habitat. Mangrove ecosystems gastropods act as bioindicators and decomposers. Gastropods mangroves areas molecular identification is important to accurately the types of gastropod species. This research aims to identify gastropods species and the relationship levels in the Mangrove Area of Tapak Village, Tugu District, Semarang conducted from September − November 2023. This research using descriptive-quantitative method. Research sampling using purposive sampling method. The genetic marker used in this research is the Cytochrome Oxydase I (COI) gene with DNA sequence alignment MUSCLE method. Phylogenetic analysis based on the neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap algorithm in MEGA X. The results of molecular identification showed that GT1 sample had a similarity of 96.12% (Percent Identity) to Pirenella alata and GT2 sample was 99.69% (Percent Identity) similar to Telescopium telescopium. The results of the phylogenetic of two species analysis show that the cladograms are in different clades. Clade I consist of sample GT1 along with 4 other comparison species in 1 genus, namely Pirenella alata, Cerithidea microptera, Pirenella nanhaiensis, and Pirenella incisa. Clade II consists of sample GT2 along with 4 other comparison species, namely Telescopium telescopium, Varicinassa variciferus, Laevilitorina caliginosa, and Monoplex krebsii.