Pemurnian DNA Plasmid Puc19 Menggunakan Kolom Silika dengan Denaturan Urea

Abstract

Pemurnian DNA plasmid berbasis silika didasarkan pada fakta bahwa DNA dapat dimurnikan menggunakan fase padat seperti silika dengan adanya denaturan. Adsorpsi DNA pada permukaan silika merupakan alternatif metode pemurnian yang efektif dan efisien dibandingkan metode pemurnian konvensional. Prinsip metode ini adalah pengikatan molekul air oleh denaturan dan adanya ikatan hidrogen antara gugus fosfat DNA dengan gugus silanol (SiOH^-) pada permukaan silika. DNA plasmid pUC19 diisolasi dari sel inang E.coli JM109 menggunakan metode lisis alkali dan dimurnikan dengan dua metode, yaitu ekstraksi fenol-khloroform dan kolom silika. Hasil kemurnian DNA plasmid menggunakan kolom dengan silika 5 mg pada konsentrasi urea 6 M sebesar 1,36. Nilai tersebut lebih tinggi dibandingkan hasil pemurnian dengan ekstraksi fenol:kloroform-isoamil alkohol yaitu sebesar 1,28. Variasi konsentrasi urea 5-9 M pada kolom dengan silika gel 5 mg dan 25 mg digunakan untuk mengetahui profil kapasitas urea sebagai agen denaturan pada pemurnian DNA plasmid. Hasil analisis secara spektrofotometri menunjukkan nilai kemurnian DNA plasmid pada konsentrasi urea 6-8 M berada pada kisaran 1,33 dan 1,48. Konsentrasi DNA plasmid tertinggi diperoleh pada kolom silika gel 25 mg dengan urea 8 M, sebesar 645 μg/mL.

Keywords: DNA plasmid, pemurnian, kolom  silika gel, denaturan, urea