Deteksi Jenis Padi Indica dan Japonica Padi Gogo Rancah Beras Merah Varietas Slegreng dan Mandel Berbasis Fragmen ORF100 dan ORF29

Abstract

Deteksi fragmen Open Reading Frame (ORF)100 dan ORF29 telah dilakukan pada dua jenis padi gogo rancah beras merah yaitu varietas Slegreng dan Mandel. Metode penelitian dilakukan dengan cara isolasi DNA kloroplas padi diikuti dengan amplifikasi PCR menggunakan optimasi suhu annealing pada tiga suhu yang berbeda, yaitu 53°C, 55°C, dan 56°C. Selanjutnya hasil amplifikasi divisualisasikan menggunakan elektroforesis pada gel agarose 1%. Suhu annealing 53°C merupakan suhu yang optimal untuk memperlihatkan fragmen ORF100 dan ORF29. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmen ORF100 dan ORF29 dapat teramplifikasi pada padi Slegreng dan mandel, sehingga kedua jenis padi tersebut menunjukkan kecenderungan subspesies japonica. Perbedaan ketebalan dan ukuran pita tidak mempengaruhi keberadaan fragmen ORF100 dan ORF29 sebagai penanda untuk mengidentifikasi tipe indica atau japonica. Pemanfaatan marka molekuler fragmen ORF100 dan ORF29 dalam mendeteksi jenis padi diharapkan dapat melengkapi hasil karakterisasi dan pengelompokkan varietas padi berdasar karakter morfologi dan fisiologi.

Keywords: chloroplast DNA, ORF100, ORF29, indica-japonica differentiation