Identifikasi Bakteri Vibrio pada Kawasan Tambak Udang Vaname dengan Menggunakan Gen 16S rRNA

Abstract

Penyakit pada budidaya udang Litopenaeus vannamei dipicu oleh berbagai faktor salah satunya adalah vibriosis. Pengendalian penyakit vibriosis sangat bergantung pada informasi valid terkait jenis bakteri yang menyerang areal budidaya tambak udang L. vannamei.  Teknik genom dengan analisis berbasis urutan gen 16S rRNA merupakan metode yang dapat digunakan dalam identifikasi spesies bakteri. Tujuan penelitian ini adalah mengindentifikasi jenis bakteri vibrio di wilayah tambak udang pesisir Kabupaten Kolaka.  Penelitian dilaksanakan pada wilayah pesisir Kabupaten Kolaka Provinsi Sulawesi Tenggara, khususnya Kecamatan Wundulako dan Kecamatan Pomalaa.  Analisis identifikasi spesies bakteri dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu; pengambilan sampel air pada 3 lokasi areal tambak udang; analisis karakteritik fisik bakteri; karakteriksasi secara biomolekuler menggunakan gen 16S rRNA. Hasil penelitian, ditemukan empat  isolat berdasarkan BLAST nukleotida dari NCBI, yaitu isolat Wundulako 1 dan 2 menunjukkan kesesuaian dengan Vibrio neocaledonicus dan Vibrio harveyi masing-masing sebesar 99%. Kemudian isolat Pomalaa 1 dan 1.1 menunjukkan  kesesuaian sebesar 100% untuk Vibrio sp dan Vibrio bacterium dengan kesamaan yang rendah sebesar 86,45% dan query cover 94%, sehingga isolat Pomalaa 1.1 dianggap sebagai spesies outgrup tersendiri pada pohon filogenetik. Studi ini,  memberikan dasar teori dan dukungan teknis untuk pencegahan penyakit yang efektif pada tahap postlarva hingga udang dewasa dan mendukung pengembangan industri udang yang sehat di pesisir Kabupaten Kolaka.