DOI: https://doi.org/10.14710/jpl.2024.66027

Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing untuk Deteksi Gen PKS-I Pada Bakteri Asosiasi Mangrove Avicennia Marina Asal Pantai Tirang, Semarang

*Arinda Rosari  -  Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Indonesia
Aninditia Sabdaningsih  -  Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Indonesia
Diah Ayuningrum  -  Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Indonesia
Oktavianto Eko Jati  -  Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Indonesia
Open Access Copyright 2024 Jurnal Pasir Laut

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Citation Format:
Abstract
Mangrove hidup di wilayah ekstrem yang memiliki mekanisme unik dalam beradaptasi yang mengarah pada jalur metabolisme dan berpengaruh terhadap proses produksi metabolit sekundernya. Bakteri asosiasi mangrove memiliki sifat yang mirip dengan inangnya. Pemanfaatan bakteri asosiasi dinilai lebih berkelanjutan, karena proses penelitian menjadi lebih cepat, mudah dan terjangkau. Senyawa metabolit sekunder disintesis oleh gen penyandi seperti PKS ( poliketida sintetase ). Gen penyandi menjadi kunci dalam produksi senyawa metabolit sekunder. Produk metabolit sekunder di kalangan industri sedang banyak dicari. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi keberadaan gen penyandi metabolit sekunder PKS-I pada isolat bakteri. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Kelautan Tropis . Metode penelitian menggunakan metode deskriptif kualitatif. Hasil deteksi gen PKS-I ditemukan pada 7 sampel isolat menggunakan optimasi konsentrasi primer 10μM dan suhu annealing 50°C.
Fulltext View|Download
Keywords: Ekstraksi DNA, Endofit, Metabolit Sekunder, PCR, Senyawa Bioaktif
Funding: Universitas Diponegoro dengan Nomor under contract 185-71/UN7.D2/PP/V/2023

Article Metrics:

Article Info
Section: Artikel
Language : ID
Recent articles
Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing untuk Deteksi Gen PKS-I Pada Bakteri Asosiasi Mangrove Avicennia Marina Asal Pantai Tirang, Semarang Analisis Kualitas Air dan Upaya Pengendalian Pencemaran Sungai Bogowonto, Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah Analisis Hubungan Kualitas Air Tambak Terhadap Laju Pertumbuhan Ikan Nila Salin (Oreochromis niloticus) More recent articles
  1. Ayuningrum, D., Liu, Y., Riyanti, Sibero, M. T., Kristiana, R., Asagabaldan, M. A., Wuisan, Z. G., Trianto, A., Radjasa, O. K., Sabdono, A., dan Schäberle, T. F. 2019. Tunicate-Associated Bacteria Show a Great Potential for the Discovery of Antimicrobial Compounds. PLoS ONE, 14(3): 1-14
  2. Ayuso-Sacido, A., and O. Genilloud. 2005. New PCR primers for the screening of NRPS and PKS-I systems in actinomycetes : detection and distribution of these byosynthetic gene sequences in major taxonomic groups. Microbial Ecology, 49: 10- 24
  3. Baharuddin, M., Patong, A. R., Ahmad, A., dan La Nafie, N. 2014. Pengaruh Suhu dan pH Terhadap Hidrolisis Cmc oleh Enzim Selulase dari Isolat Bakteri Larva Kupu-Kupu Cossus Cossus. Teknosains: Media Informasi Sains dan Teknologi, 8(3) 343-356
  4. Dongoran, S.S.I., Subagiyo, dan Setyati, W. A. 2022. Pseudomonas sp., Moraxella sp., Vibrio sp., dari Sedimen Mangrove sebagai Antibakteri terhadap Escherichia coli, Staphylococcus aureus dan Salmonella thypi. Journal of Marine Research, 11(3): 475-482
  5. Fadlan, F., Ai, D., Tantan, H. A., Asep, D., dan Ernawati. 2019. Perbandingan Ekstraksi DNA Salmonella typhi dari Kultur Darah Metode Spin Column dan Alcohol Based. Jurnal Riset Kesehatan, 11(2): 232-243
  6. Emilia, Harnelly, E., dan Anhar, A. 2021. Optimalisasi Metode EKstraksi DNA Daun, Kulit Kayu dan Kayu Pinus merkusii Jungh. Et de Vriese. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Pertanian, 6(4): 766-778
  7. Gall-David, S.L., Boudry, G., dan Bataillon, S. B. 2023. Comparison of Four DNA Extraction Kits Efficiency for 16SrDNA Microbiota Profiling of Diverse Human Samples. Future Science OA, 9(1)
  8. Ghashghaei, S., Etemadifar, Z., Tavassoli, M., dan Mofid, M. R. 2022. Optimization of Degenerate PCR Conditions for Reducing Error Rates in Detection of PKS and NRPS Gene groups in Actinomycetes. PubMed, 15(1): 28-37
  9. Handayani, N., Sabdaningsih, A., Jati, O. E., dan Ayuningrum, D. 2023. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Endofit dari Akar Avicennia marina di Kawasan Mangrove Pantai Tirang, Semarang. Jurnal Pasir Laut, 7(2): 68-73
  10. Herman, Nainggolan, M., dan Roslim, D. I. 2018. Optimasi Suhu Annealing untuk Empat Primer RAPD pada Kacang Hijau (Vigna radiata L.). Jurnal Dinamika Pertanian, 34(1): 41-46
  11. Islamiah, D. N., Rahmawati, dan Linda, R. 2017. Jenis-jenis Bakteri Rizosfer Kawasan Tanah Mangrove Avicennia di Kelurahan Terusan, Kecamatan Mempawah Hilir, Kalimantan Barat. Jurnal Protobiont, 6(3): 165-172
  12. Kapley, A., Tanksale, H., Sagarkar, S., Prasad, A. R., Kumar, R. A., Sharma, N., Qureshi, A., dan Purohit, H. J. 2016 Antimicrobial activity of Alcaligenes sp. HPC 1271 Against Multidrug Resistant Bacteria. Functional and Integrative Genomics, 16(1): 57-65
  13. Komaki, H. dan Tamura, T. 2020. Polyketide Synthase and Nonribosomal Peptide Synthase Gene Clusters in Type Strains of the Genus Phytohabitans. Life (Basel), 10(11): 257
  14. Lee, L. H., Zainal, N., Azman, A. S., Eng, S. K., Goh, B. H., Yin, W. F., Ab Mutalib, N. S., dan Chan, K. G. 2014. Diversity and Antimicrobial Activities of Actinobacteria Isolated From Tropical Mangrove Sediments in Malaysia. The Scientific World Journal, 2014: 698178
  15. Nugroho, K., Terryana, R. T., Rijzaani, H., dan Lestari, P. 2016. Metode Ekstraksi DNA pada Jatropha spp. Tanpa Menggunakan Nitrogen Cair. Jurnal Littri, 22(4): 159-166
  16. Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi Ekstraksi DNA PCR-RAPD Pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi, 13(1): 12-16
  17. Pratiwi, N., Pramila, C., Safitri, F., Namidya, S. K., dan Putri, D. H. 2023. Pengaruh Radiasi Mikro Terhadap DNA Mikroba. Serambi Biologi, 8(1): 74-78
  18. Priyastomo, D. A., Hilmia, N., Pramudyaswari, E. F., dan Islami, R. Z. 2023. Analisis Konsentrasi serta Kemurnian DNA Hasil Ekstraksi Rumput Raja (Pennisetum purpuroides) dan Rumput Gajah (Pennisetum purpureum) Menggunakan Metode CTAB dan DNAzol. Pastura, 12(2): 89-92
  19. Saputro, A., Yudianto, A., dan Koesbardiati, T. 2015. Pengaruh Lama Paparan Suhu Kamar Terhadap Kualitas DNA pada Pemeriksaan Swab Earphone dalam Penentuan Jenis Kelamin. Jurnal Biosains Pascasarjana, 17(1): 33-45
  20. Sari, F., Widyorini, N., dan Sabdaningsih, A. 2021. Isolasi dan Identifikasi dengan Gen 16S Rrna dari Bakteri Asosiasi Spons Kelas Demospongiae di Perairan Tulamben Bali. Jurnal Pasir Laut, 5(2): 110-118
  21. Yanti, D., Rahmawati dan Kurniatuhadi, R. 2021. Karakteristik Morfologis dan Fisiologis Bakteri Endofit dari Akar Napas Tumbuhan Avicennia marina (Forsk.) Vierh di Mempawah Mangrove Park (Mmp). Jurnal Biologica Samudra, 3(2): 166-183
  22. Zainuddin, M., Pringgenies, D., Radjasa, O. K., Haeruddin, Sabdaningsih, A., dan Herawati, V. E. 2022. Optimasi Kondisi Inkubasi Kultur (Suhu dan Agitasi) Terhadap Pertumbuhan dan Aktivitas Protease Ekstraseluler Bakteri Bacillus firmus Asosiasi Sponge (Porifera: Demospongiae) dari Nusa Lembongan Bali Indonesia. Journal of Marine Research, 11(3): 547-556

Last update:

No citation recorded.

Last update: 2024-12-21 13:56:18

No citation recorded.