Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik

Mukhammad Asy’ari; A. Saifuddin Noer

doi:10.14710/jksa.9.2.25-29

DOI: https://doi.org/10.14710/jksa.9.2.25-29

Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik

Mukhammad Asy’ari¹

, A. Saifuddin Noer²

¹Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University, Indonesia

²Laboratorium Rekayasa Genetika, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Teknologi Bandung, Indonesia

Published: 1 Aug 2006.

BibTex Citation Data :

@article{JKSA3291,
    author = {Mukhammad Asy’ari and A. Saifuddin Noer},
    title = {Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik},
    journal = {Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi},
  volume = {9},
    number = {2},
    year = {2006},
    keywords = {D-loop mtDNA; PCR; kloning; enzim PstI; sampel forensik},
    abstract = {Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.},
   issn = {2597-9914},   pages = {25--29}  doi = {10.14710/jksa.9.2.25-29},
    url = {https://ejournal.undip.ac.id/index.php/ksa/article/view/3291}
}

Citation Format:

Abstract

Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.

Fulltext View|Download

Keywords: D-loop mtDNA; PCR; kloning; enzim PstI; sampel forensik

Article Metrics:

Article Info

Section: Research Articles

Language : ID

In Vol 9, No 2 (2006): Volume 9 Issue 2 Year 2006

Recent articles

Daya Pemacu Pertumbuhan Monosodium Glutamat dan Efek Sampingnya pada Ren Ayam (Gallus sp) Perbaikan Mutu Fraksi Kerosin Melalui Proses Adsorpsi oleh Karbon Aktif Kajian Kinetika Adsorpsi Mg(II) pada Silika Gel Termodifikasi Gugus Sulfonat More recent articles

Most cited articles

Conversion of Wood Waste to be a Source of Alternative Liquid Fuel Using Low Temperature Pyrolysis Method Chitosan succinate/PVA-PEG Membrane: Preparation, Characterization and Permeation Ability Test on Creatinine Studi Filogeni dan Uji Potensi Bioremediasi serta Enzim Termostabil Ekstraseluler Isolat Geobacillus sp. dari Sumber Air Panas Gedong Songo Lempung Terpilar Silika untuk Penghilangan Fenol dalam Air Polimerisasi Eugenol Dengan Katalis Asam Sulfat Pekat More cited articles

Anderson, S., Bankier, A.T., de Barrell, B.G., de Bruijn, M.H., Coulson, A.R., Drouin, J., Eperon, I.C., Nierlich, D.P., Roe, B.A., Sanger, F., Screier, P.H., Smith, A.J., Staden, R., and Young, I.G., 1981, Sequence and organization of the human mitochondrial genome, Nature, 290 (5806); 457–465
Aquadro, C.F., and Greenberg, B.D., 1983, Human mitochondrial DNA variation and evolution; analysis of nucleotide sequences from seven individuals, Genet, 103; 287–312
Cann, R.L., Stoneking, M., and Wilson, A.C., 1987, Mitochondrial DNA and human evolution, Nature, 325: 31–36
Jones, P., 1998,Vectors Cloning Applications-essential Techniques, John Wiley & Sons, BIOS Scient Publishers, NewYork
Moore, J.M. and Isenberg, A.R., 1999, Mitochondrial DNA Analysis of the FBI Laboratory, Forensic Science Communication, Vol. I, Number 2
Noer, A.S., Martasih, F., Mulyani, S., Muktiningsih, dan Wirahadikusumah, M., 1994, Analisis Variasi Urutan Nukleotida D-loop mtDNA Manusia dari Berbagai Daerah di Indonesia, Proceeding Seminar Bersama UKM-ITB, I, 201–204
Orrego, C., and King, M.C., 1990, Determination of familial relationships, di dalam PCR protocols a guide to methods and application, Academic Press, Inc. San Diego, California, USA
Perkin Elmer, 1992, DNA Thermal Cycler; Users Manual, The Perkin Elmer Corporation, USA
Promega, 1998, Technical Manual, pGEM-T and pGEM®–T Easy Vector Systems, USA
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Vol. 1,2,3 Cold Spring Harbor Laboratory Press New York

Last update:

No citation recorded.

Last update: 2024-11-19 22:34:46

No citation recorded.

As an article writer, the author has the right to use their articles for various purposes, including use by institutions that employ authors or institutions that provide funding for research. Author rights are granted without special permission.

Author who publishes a paper at JKSA has the broad right to use their work for teaching and scientific purposes without the need to ask permission, including: used for (i) teaching in the author's class or institution, (ii) presentation at meetings or conferences and distributing copies to participants ; (iii) training conducted by the author or author's institution; (iv) distribution to colleagues for research use; (v) use in the compilation of subsequent authors' works; (vi) inclusion in a thesis or dissertation; (vi) reuse of part of the article in another work (with citation); (vii) preparation of derivative works (with citation); (viii) voluntary posting on open websites operated by authors or author institutions for scientific purposes (follow the CC BY-SA License).

Authors and readers can copy and redistribute material in any media or format, and mix, modify, and build material for any purpose but they must provide appropriate credit (provide article citation or content), providing links to the license, and indicate if there are changes.

The authors submitting a manuscript do so on the understanding that if accepted for publication, copyright of the article shall be assigned to Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi (JKSA). Copyright encompasses rights to reproduce and deliver the article in all form and media, including reprints, photographs, microfilms and any other similar reproductions, as well as translations.

Reproduce any part of this journal, its storage in the database or its transmission by all forms or media is permitted does not need for written permission from JKSA. However, it should be cited as an honor in academic manners

JKSA and the Chemistry Department of Diponegoro University and the Editor make every effort to ensure that there are no data, opinions, or false or misleading statements published in JKSA. However, the content of the article is the sole and exclusive responsibility of each author.

The Copyright Transfer Form can be downloaded here: [Copyright Transfer Form - Indonesian] [Copyright Transfer Form - English]. The copyright form should be signed originally and send to the Editor in the form of printed letters, scanned documents sent via email or fax.

Adi Darmawan, Ph.D (Editor in Chief)

Editor in chief of Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi (JKSA)

Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University

Jl. Prof. Soedarto, Kampus Undip Tembalang, Semarang, Central Java, Indonesia 50275
Email: jksa@live.undip.ac.id