Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik

Mukhammad Asy’ari; A. Saifuddin Noer

doi:10.14710/jksa.9.2.25-29

DOI: https://doi.org/10.14710/jksa.9.2.25-29

Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik

Mukhammad Asy’ari¹

, A. Saifuddin Noer²

¹Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University, Indonesia

²Laboratorium Rekayasa Genetika, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Teknologi Bandung, Indonesia

Published: 1 Aug 2006.

BibTex Citation Data :

@article{JKSA3291,
    author = {Mukhammad Asy’ari and A. Saifuddin Noer},
    title = {Amplifikasi In Vitro dan In Vivo Fragmen 0,4 KB D-Loop mtDNA Sampel Forensik},
    journal = {Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi},
  volume = {9},
    number = {2},
    year = {2006},
    keywords = {D-loop mtDNA; PCR; kloning; enzim PstI; sampel forensik},
    abstract = {Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.},
   issn = {2597-9914},   pages = {25--29}  doi = {10.14710/jksa.9.2.25-29},
    url = {https://ejournal.undip.ac.id/index.php/ksa/article/view/3291}
}

Citation Format:

Abstract

Daerah DNA mitokondria (mtDNA) manusia yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi adalah D-loop. Urutan nukleotida D-loop mtDNA dapat dijadikan alat untuk menentukan identitas genetik seseorang. Saat ini aplikasinya banyak digunakan untuk memecahkan kasus-kasus di bidang forensik. Isolasi fragmen 0,4 kilobasa (kb) D-loop mtDNA dapat dilakukan dengan mengekstrak mtDNA dari dalam sel, kemudian menggandakan (amplifikasi) mtDNA secara in vitro dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR) dan secara in vivo dengan metoda Kloning. Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi secara in vitro fragmen 0,4 kb mtDNA sampel forensik dengan metoda PCR menggunakan primer M1 (5’CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’) dan M2 (5’GATTTCAC GGAGGATGGTG-3’) dan secara in vivo dengan metoda kloning menggunakan vektor pGEM-T dalam sel inang Eschericia coli JM 109. Identifikasi hasil PCR dilakukan dengan metoda elektroforesis gel agarosa 1% menggunakan pewarna fluorisen Etidium Bromida. Sedangkan sel rekombinan hasil kloning diseleksi menggunakan media selektif mengandung antibiotik ampisilin dan zat pewarna kultur rekombinan yaitu X-gal dan IPTG sebagai indusernya. Identifikasi plasmid rekombinan yang mengandung fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA dilakukan menggunakan enzim restriksi Pst I. Hasil kloning diperoleh jumlah koloni putih (sel rekombinan) : biru (sel non rekombinan) adalah 2 : 1. Hasil analisis restriksi enzim PstI pada plasmid rekombinan diperoleh fragmen berukuran 3,4 kb, hal ini menunjukkan bahwa DNA insert berukuran 0,4 kb sesuai dengan fragmen mtDNA hasil PCR. Plasmid rekombinan selanjutnya digunakan pada penelitian berikutnya, yaitu penentuan urutan nukleotida dengan metode sekuensing sehingga dapat diketahui identitas genetika dari sampel forensik yang dianalisis.

Fulltext View|Download Email colleagues

Keywords: D-loop mtDNA; PCR; kloning; enzim PstI; sampel forensik

Article Metrics:

Article Info

Section: Research Articles

Language : ID

In Vol 9, No 2 (2006): Volume 9 Issue 2 Year 2006

Most cited articles

Pengaruh Penambahan Surfaktan Hexadecyltrimethyl-Ammonium (HDTMA) pada Zeolit Alam Terdealuminasi terhadap Kemampuan Mengadsorpsi Fenol Studi Filogeni dan Uji Potensi Antibakteri serta Enzim Ekstraseluler Isolat Geobacillus sp. dari Sumber Air Panas Gedongsongo Preparasi Katalis Zeolit Alam Asam sebagai Katalis dalam Proses Pirolisis Katalitik Polietilena Pengaruh Variasi Jenis Asam terhadap Karakter Nanosilika yang Disintesis dari Abu Sekam Padi Dimerisasi Metilisoeugenol dengan Katalis HCl More cited articles

Anderson, S., Bankier, A.T., de Barrell, B.G., de Bruijn, M.H., Coulson, A.R., Drouin, J., Eperon, I.C., Nierlich, D.P., Roe, B.A., Sanger, F., Screier, P.H., Smith, A.J., Staden, R., and Young, I.G., 1981, Sequence and organization of the human mitochondrial genome, Nature, 290 (5806); 457–465
Aquadro, C.F., and Greenberg, B.D., 1983, Human mitochondrial DNA variation and evolution; analysis of nucleotide sequences from seven individuals, Genet, 103; 287–312
Cann, R.L., Stoneking, M., and Wilson, A.C., 1987, Mitochondrial DNA and human evolution, Nature, 325: 31–36
Jones, P., 1998,Vectors Cloning Applications-essential Techniques, John Wiley & Sons, BIOS Scient Publishers, NewYork
Moore, J.M. and Isenberg, A.R., 1999, Mitochondrial DNA Analysis of the FBI Laboratory, Forensic Science Communication, Vol. I, Number 2
Noer, A.S., Martasih, F., Mulyani, S., Muktiningsih, dan Wirahadikusumah, M., 1994, Analisis Variasi Urutan Nukleotida D-loop mtDNA Manusia dari Berbagai Daerah di Indonesia, Proceeding Seminar Bersama UKM-ITB, I, 201–204
Orrego, C., and King, M.C., 1990, Determination of familial relationships, di dalam PCR protocols a guide to methods and application, Academic Press, Inc. San Diego, California, USA
Perkin Elmer, 1992, DNA Thermal Cycler; Users Manual, The Perkin Elmer Corporation, USA
Promega, 1998, Technical Manual, pGEM-T and pGEM®–T Easy Vector Systems, USA
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Vol. 1,2,3 Cold Spring Harbor Laboratory Press New York

Last update:

No citation recorded.

Last update: 2026-09-13 20:17:49

No citation recorded.

As an article writer, the author has the right to use their article for various purposes, including use by institutions that employ the author or institutions that provide funding for the research. These author rights are granted without special permission.

Authors who publish a paper in JKSA have broad rights to use their work for teaching and scientific purposes without the need to request permission, including: (i) teaching in the author's class or institution; (ii) presenting the work at meetings or conferences and distributing copies to participants; (iii) using the work in training conducted by the author or the author's institution; (iv) distributing copies to colleagues for research purposes; (v) using the work in the compilation of subsequent works by the author; (vi) including the work in a thesis or dissertation; (vii) reusing part of the article in another work, with appropriate citation; (viii) preparing derivative works, with appropriate citation; and (ix) voluntarily posting the work on open websites operated by the author or the author's institution for scientific purposes, in accordance with the CC BY-SA License.

Authors and readers may copy and redistribute the material in any medium or format, and may remix, transform, and build upon the material for any purpose, provided that they give appropriate credit by citing the article or its content, provide a link to the license, and indicate if changes were made.

The authors submitting a manuscript do so on the understanding that, if accepted for publication, the copyright of the article shall be assigned to Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi (JKSA). Copyright encompasses the rights to reproduce and distribute the article in all forms and media, including reprints, photographs, microfilms, and any other similar reproductions, as well as translations.

Reproducing any part of this journal, storing it in a database, or transmitting it in any form or medium is permitted without written permission from JKSA. However, the original source must be properly cited in accordance with academic conventions.

JKSA, the Chemistry Department of Diponegoro University, and the Editor make every effort to ensure that no inaccurate, false, or misleading data, opinions, or statements are published in JKSA. However, the content of each article is the sole and exclusive responsibility of its authors.

The Copyright Transfer Form can be downloaded here: [Copyright Transfer Form - Indonesian] [Copyright Transfer Form - English]. The copyright form should bear the authors' original signatures and be sent to the Editor as a printed document, a scanned document sent via email, or by fax.

Prof. Adi Darmawan, Ph.D (Editor in Chief)

Editor in chief of Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi (JKSA)

Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University

Jl. Prof. Soedarto, Kampus Undip Tembalang, Semarang, Central Java, Indonesia 50275
Email: jksa@live.undip.ac.id