DOI: https://doi.org/10.14710/jksa.8.1.23-27

Optimasi Konsentrasi MgCl2 dan Suhu Annealing pada Proses Amplifikasi Multifragmens mtDNA dengan Metoda PCR

1Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University, Indonesia

2Laboratorium Rekayasa Genetika, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Teknologi Bandung, Indonesia

Published: 1 Apr 2005.
Open Access Copyright 2005 Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi under http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/.

Citation Format:
Abstract
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode amplifikasi Deoxyribonucleic acid (DNA) secara invitro. Hingga saat ini para peneliti baru berhasil mengamplifikasi secara in vitro DNA mitokondria (mtDNA)manusia Indonesia sampai ukuran fragmen maksimal 1,6 kilobasa (kb) dan belum dilakukan untuk “banyakfragmen” (multifragments). Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi multifragments DNA mitokondriamanusia Indonesia berukuran 5,4 kb; 4,2 kb; 3,5 kb; 2,1 kb; 1,6 kb dengan metode PCR standar melalui optimasikonsentrasi MgCl2 dan suhu annealing. Proses berlangsung dalam satu reaksi PCR menggunakan enzim taqpolimerase, lima primer yaitu dmt-2L, dmt-1H, FL, FH dan MH pada kondisi bufer standar dengan konsentrasiMgCl2 2,5 mM, selama 30 siklus pada suhu denaturasi 94oC (15 detik), annealing 65oC (30 detik) danextension 72oC (180 detik). Keberhasilan metode amplifikasi in vitro multifragments yang mengandung fragmenpanjang tersebut diharapkan bisa membuat proses amplifikasi beberapa gen dalam satu genom menjadi lebihcepat dan efisien.
Fulltext View|Download
Keywords: PCR multifragments; mtDNA manusia Indonesia; optimasi PCR; MgCl2

Article Metrics:

Article Info
Section: Research Articles
Language : ID
Recent articles
Pengaruh Perlakuan Asam dan Kalium Permanganat terhadap Karakter Zeolit Tasik Optimasi Konsentrasi MgCl2 dan Suhu Annealing pada Proses Amplifikasi Multifragmens mtDNA dengan Metoda PCR Pemucatan Minyak Sawit dengan Lempung Terpilar More recent articles
Most cited articles
Sintesis Lempung Terpilar Polikation Alumunium Sebagai Adsorben Indigo Karmina Pengaruh Penambahan Surfaktan Hexadecyltrimethyl-Ammonium (HDTMA) pada Zeolit Alam Terdealuminasi terhadap Kemampuan Mengadsorpsi Fenol Mekanisme Transport Lantanum Melalui Membran Cair Berpendukung (SLM) dengan Senyawa Pengemban campuran Tributyl Phosphate (TBP) dan Di(2-Etyl-Hexyl) Phosporic Acid (D2EHPA) Sintesis Porous Carbon dari Sukrosa Menggunakan Silica Template pada Temperatur Kamar Modifikasi Zeolit Alam dengan Ligan EDTA untuk Adsorpsi Ion Logam Pb2+ dan Cd2+ More cited articles
  1. Barnes, M., Wayne. 1994, “PCR amplification of up to 35-kb DNA with high fidelity and high yield from  bacteriophage templates”, Pr°C. of the Natl. Acad. of Sci. of the USA 91: 2216-2220
  2. Beck, S., 1998, “High Fidelity PCR: Enhancing the Accuracy of DNA Amplification”, The Scientist 12[1]: 17
  3. Chamberlain, J.S., R.A. Gibbs, J.E. Ranier, P.N. Nguyen and C.T. Caskey., 1988, “Deletion screening of Duchenne muscular dystropy l°Cus via multiplex DNA amplification”, Nucleic Acids Res.16: 11141-11156
  4. Cheng, S., and Kolmodin, L.A., 1997, XL PCR amplification of long targets from genomic DNA, Methods in Molecular Biology: PCR Cloning Prot°Cols, edited by Bruce A. White, 67, Humana Press, Totowa, New Jersey, page 17 – 29
  5. Cheng, S., F°Ckler, C., Barnes, M.W., and Higuchi, R., 1994, “Effective amplification of long target from cloned inserts and human genomic DNA”, Pr°C. of the Natl. Acad. of Sci. of the USA 91: 5695-5699
  6. Innis, A.M., and Gelfand, H.D., 1990, “Optimization of PCRs”, PCR Prot°Cols: A Guide to Methods and Applications
  7. Newton, C.R., and Graham,A., 1997, PCR, 2nd edition, BIOS Scientific Publisher Limited, UK
  8. Noer, A.S., Martasih, F., Mulyani, S., Muktiningsih, dan Wirahadi-kusumah, M., 1994, Analisis varian urutan nukleotida D-loop mtDNA manusia dari berbagai daerah di Indonesia, Proseeding Seminar Bersama UKM-ITB I, halaman 201-214
  9. Puspasari, F., 1998, “Substitusi Enam Nukleotida Daerah Gen ND4, ND5 DNA Mitokondria Manusia Indonesia” , Tesis, Bidang Studi Magister Kimia Kimia Program Pascasarjana, ITB, Bandung
  10. Ratnayani, K., 2000, Varian normal fragmen 1,6 kb daerah gen ND4 dan ND5 DNA mitokondria 10 individu Indonesia, Tesis, Bidang Khusus Biokimia, Program Studi Kimia, Program Pascasarjana, ITB, Bandung

Last update:

  1. Optimization of the Detection Method for Xanthomonas axonopodis on Chili Pepper Seeds Using Polymerase Chain Reaction with Two Difference Primers

    D Aisya, M E Poerwanto, D Wicaksono, J D Ortuoste, A. Loch, R.C. Joshi, A. Munawar, M.T. Multazam. BIO Web of Conferences, 69 , 2023. doi: 10.1051/bioconf/20236901033

  2. Proceedings of the 3rd International Conference on Biology, Science and Education (IcoBioSE 2021)

    Zulyusri Zulyusri, Rosi Fitri Ramadhani, Desyanti Desyanti. Advances in Biological Sciences Research, 32 , 2023. doi: 10.2991/978-94-6463-166-1_22

Last update: 2024-12-24 09:16:55

No citation recorded.