Optimasi Konsentrasi MgCl2 dan Suhu Annealing pada Proses Amplifikasi Multifragmens mtDNA dengan Metoda PCR

*Mukhammad Asy’ari orcid scopus  -  Chemistry Department, Faculty of Sciences and Mathematics, Diponegoro University, Indonesia
A. Saifuddin Noer  -  Laboratorium Rekayasa Genetika, Pusat Antar Universitas Bioteknologi, Institut Teknologi Bandung, Indonesia
Published: 1 Apr 2005.
Open Access Copyright 2005 Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi
License URL: http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/

Citation Format:
Abstract
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode amplifikasi Deoxyribonucleic acid (DNA) secara invitro. Hingga saat ini para peneliti baru berhasil mengamplifikasi secara in vitro DNA mitokondria (mtDNA)manusia Indonesia sampai ukuran fragmen maksimal 1,6 kilobasa (kb) dan belum dilakukan untuk “banyakfragmen” (multifragments). Pada penelitian ini telah berhasil diamplifikasi multifragments DNA mitokondriamanusia Indonesia berukuran 5,4 kb; 4,2 kb; 3,5 kb; 2,1 kb; 1,6 kb dengan metode PCR standar melalui optimasikonsentrasi MgCl2 dan suhu annealing. Proses berlangsung dalam satu reaksi PCR menggunakan enzim taqpolimerase, lima primer yaitu dmt-2L, dmt-1H, FL, FH dan MH pada kondisi bufer standar dengan konsentrasiMgCl2 2,5 mM, selama 30 siklus pada suhu denaturasi 94oC (15 detik), annealing 65oC (30 detik) danextension 72oC (180 detik). Keberhasilan metode amplifikasi in vitro multifragments yang mengandung fragmenpanjang tersebut diharapkan bisa membuat proses amplifikasi beberapa gen dalam satu genom menjadi lebihcepat dan efisien.
Keywords: PCR multifragments; mtDNA manusia Indonesia; optimasi PCR; MgCl2

Article Metrics:

  1. Barnes, M., Wayne. 1994, “PCR amplification of up to 35-kb DNA with high fidelity and high yield from  bacteriophage templates”, Pr°C. of the Natl. Acad. of Sci. of the USA 91: 2216-2220
  2. Beck, S., 1998, “High Fidelity PCR: Enhancing the Accuracy of DNA Amplification”, The Scientist 12[1]: 17
  3. Chamberlain, J.S., R.A. Gibbs, J.E. Ranier, P.N. Nguyen and C.T. Caskey., 1988, “Deletion screening of Duchenne muscular dystropy l°Cus via multiplex DNA amplification”, Nucleic Acids Res.16: 11141-11156
  4. Cheng, S., and Kolmodin, L.A., 1997, XL PCR amplification of long targets from genomic DNA, Methods in Molecular Biology: PCR Cloning Prot°Cols, edited by Bruce A. White, 67, Humana Press, Totowa, New Jersey, page 17 – 29
  5. Cheng, S., F°Ckler, C., Barnes, M.W., and Higuchi, R., 1994, “Effective amplification of long target from cloned inserts and human genomic DNA”, Pr°C. of the Natl. Acad. of Sci. of the USA 91: 5695-5699
  6. Innis, A.M., and Gelfand, H.D., 1990, “Optimization of PCRs”, PCR Prot°Cols: A Guide to Methods and Applications
  7. Newton, C.R., and Graham,A., 1997, PCR, 2nd edition, BIOS Scientific Publisher Limited, UK
  8. Noer, A.S., Martasih, F., Mulyani, S., Muktiningsih, dan Wirahadi-kusumah, M., 1994, Analisis varian urutan nukleotida D-loop mtDNA manusia dari berbagai daerah di Indonesia, Proseeding Seminar Bersama UKM-ITB I, halaman 201-214
  9. Puspasari, F., 1998, “Substitusi Enam Nukleotida Daerah Gen ND4, ND5 DNA Mitokondria Manusia Indonesia” , Tesis, Bidang Studi Magister Kimia Kimia Program Pascasarjana, ITB, Bandung
  10. Ratnayani, K., 2000, Varian normal fragmen 1,6 kb daerah gen ND4 dan ND5 DNA mitokondria 10 individu Indonesia, Tesis, Bidang Khusus Biokimia, Program Studi Kimia, Program Pascasarjana, ITB, Bandung

Last update: 2021-05-07 00:11:41

No citation recorded.

Last update: 2021-05-07 00:11:41

No citation recorded.